净化工作台由三个最基本的部分组成：高效空气过滤器，风机，箱体。一种是垂直流的超净工作台，即工作区域的空气流动方向是垂直的，另一种是水平流，即空气是水平流过工作区域的。本文主要介绍垂直流超净工作台。
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对净化工作台而言，最主要的就是空气循环过滤的过程，在这个过程中，风机起到了心脏的作用，箱体就像人的身体，它的气密性使外界浑浊的空气无法侵入，并且为空气循环提供了风道；高效空气过滤器捕捉空气中尘埃，使通过它的空气洁净。
需要注意的是净化工作台里不是处处是洁净的，过滤器和空气循环模式只能保证空气离开过滤器出风口后在部分空间内是纯净的，一般这个空间被称为工作区域，只有在这个区域操作，才是安全的。完全开环的空气循环的洁净效率不高，且外排的空气可能会携带部分样本中的细菌等，可能会对环境造成危害。
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通常只用于洁净要求较低的或是无生物危害的场合。其主要特征是在每次循环中所有空气从外界采入并最终都回到环境中去，一般水平流的净化工作台都采用开环模式。这种模式的超净工作台结构较简单，成本低廉，但是风机和过滤器的负载较大，对其寿命会产生不良影响。可见，闭环模式其实也不是完全封闭的气流循环，每次循环中将有的空气排放到环境空间，但这些外排的气体已经过一个外排高效空气过滤器的过滤。
